A equipe chegou a participar do Campeonato Paulista de Futebol de 2009, porém sem vencer nenhum jogo da competição.
Na última 9️⃣ rodada, o Bahia acabou eliminado pelo Fluminense.
O técnico Dunga, sem deixar de jogar, foi demitido da equipe do time do 9️⃣ interior e substituído por Antônio Lopes.
No dia 12 de maio, o Bahia anunciou a volta do atacante Marquinhos para a 9️⃣ Seleção Brasileira, porém acabou sendo rebaixado para a Série C de 2010.Em
julho, o Bahia voltou a se inscrever para a 9️⃣ Série B do Campeonato Brasileiro de 2010.